GE_AKTA Pilot蛋白純化儀能夠快速完成純化生物分子蛋白質、核酸、肽等，完成從實驗室基礎研究到整個工藝方法快速開發(fā)及放大。蛋白純化儀可以進行生物大分子的范例純化，已知和未知蛋白質的純化，蛋白質的結構動力學藥物作用靶點研究，藥物蛋白的分離，蛋白質工程藥物的合成，蛋白質的定性，組織細胞中各種蛋白質在生物體中如何發(fā)展功能，基因表達產物的分離。
在各種條件下使用蛋白純化儀，不同的操作方法從細胞環(huán)境中提取蛋白質將會導致其活性的丟失和結構的改變。蛋白純化儀的操作包括稀釋，改變溶液條件，暴露于各種降解酶、氧氣、重金屬及各種材料的表面，以及生理條件的變化 (如凍融作用) 等。需要注意的是GE_AKTA Pilot蛋白純化儀的任何—個情況都有可能影響蛋白質穩(wěn)定性，因此盡可能采取減少這些影響的預防措施，都將有助于確保一個純化草案的成功。
使用蛋白純化儀的過程中想要保持蛋白質的穩(wěn)定，應避免可以使其變性的處理方法。因此，蛋白純化儀對蛋白質溶液一般不要劇烈攪拌或渦旋，因為這可能會導致蛋白質氧化或表面變性。蛋白純化儀不能將蛋白質溶液暴露于頂端的 pH、高溫、有機溶劑或任何其他可能促進變性的條件。同樣，如果在解凍的狀態(tài)下長時間儲存一種蛋白質溶液，細菌和真菌的生長將會成為一個問題。在這樣的情況下，無菌溶液和抗菌或抗真菌試劑可能是必要的。另外，建議使用蒸餾水配制將與蛋白質接觸的所有溶液，并且GE_AKTA Pilot蛋白純化儀要將蒸餾水儲存在無藻類生長的容器中。
